開館以来、長く親しまれた本館は、歴史的建築の意匠を可能な限り保存しつつ、設備をアップデートして生まれ変わります。「南回廊」1階では、収蔵品を展示するコレクションルーム（約1,000㎡）を新設。コレクションから季節に合わせた選りすぐりの作品を展示し、京都画壇の名品などをいつでも鑑賞できます。「南回廊」2階は、創建当初の意匠をそのままに、自然光のもと美術鑑賞ができる空間です。
また、「南回廊」2階と併せて「北回廊」では、歴史と伝統を誇る重厚な美術館空間を活かし、国内外の様々な美術にふれることのできる自主企画展やメディア・他の美術館と共催する特別展、国際巡回展、美術団体による公募展などを開催します。