本馆对包括日本画、西洋画、雕刻、版画、工艺和书法在内的京都艺术进行综合性收藏。作为藏品的核心，本馆所藏京都画坛画家作品群，是公认的代表近代日本画精髓的珍品。藏品总数目前达到4400件以上，其中包含艺术家本人及后代于藏家的捐赠。美术馆重新开馆后将在新开设的常设展厅进行展示。